Il laboratorio di microscopia supporta e completa le proposte didattiche di tutti gli indirizzi liceali nel campo della biologia.
E’ attrezzato con 30 microscopi da biologia a disposizione degli studenti, a cui si aggiungono  una decina di stereomicroscopi. La postazione docente consiste in due microscopi da biologia, uno stereomicroscopio e un microscopio da petrografia, collegati ad un videoproiettore.
Gli studenti iniziano ad accedere al laboratorio dal secondo anno, con frequenza variabile in funzione delle peculiarità dell’indirizzo liceale. Imparano ad usare gli strumenti correttamente e ad operare in sicurezza, iniziando ad osservare dei preparati a fresco da loro stessi predisposti, come ad esempio cellule di cipolla e altri vegetali, cellule animali.
Negli anni successivi, soprattutto in quarta, la lezione in laboratorio si focalizza sui preparati istologici di tessuti animali e vegetali, la cui osservazione e interpretazione è mediata dalle immagini degli stessi vetrini proiettate e commentate dal docente e da atlanti fotografici a disposizione degli studenti.
Gli stereomicroscopi vengono utilizzati per l’osservazione tridimensionale di microstrutture appartenenti al regno animale, vegetale e minerale. Il microscopio da petrografia permette invece l’analisi di sezioni sottili di rocce e dei minerali che le compongono.